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南京中医药大学继续教育学院（高等职业技术学院、成人教育学院、学历教育）依托学校医教研学科优势和雄厚的师资力量，举办各类成人学历教育及非学历教育培训，为江苏省乃至全国培养了大批高素质的中医药人才，较好地发挥了示范辐射效应。学院现有人员11名，下设综合培训科、教学研究与教务管理科和学生管理与教学质量管理科。综合培训科主要负责：1.非学历培训项目拓展与管理工作，2.中医药继续教育项目组织申报与管理工作，3.项目财务管理工作，4.学院行政办公相关工作。教学研究与教务管理科主要负责：1.教务管理工作，2.学籍管理工作，3.教学研究工作，4.自学考试管理工作。学生管理与教学质量管理科主要负责：1.成人教育招生工作，2.教学点管理工作，3.学生管理工作，4.党务管理工作。
成人学历教育一直坚持特色发展，现有专科、专升本两个办学层次，有中医学、中药学、药学、针灸推拿学、护理学、康复治疗学、中西医临床医学、食品卫生与营养学等8个专业。在全省共设有9个教学点，现有在校生7000余人。为打造精品，确保教学质量，不断加强专业与课程建设，现拥有中医学、中药学2个省级成人高等教育重点专业，护理学、针炙推拿学2个省级成人高等教育特色专业，中医内科学、中医儿科学、中药炮制学、中药药剂学4个省级成人高等教育精品资源共享课程，社区护理学、推拿学、中药化学3个省级成人高等教育精品课程。
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